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肛管、直肠周围有很多间隙，又称肛直肠外科间隙，在这些肛直肠旁的"空间"中充满了丰富的脂肪组织和疏松的结缔组织，并由很多纤维肌肉隔将其分成许“空间”，当肛窦（肛隐窝）感染时，细菌就沿着肛腺感染到这些间隙中，间隙中的脂肪组织很快坏死化脓成为脓肿。
此处间隙容易受细菌侵犯而发炎化脓，是肛直肠周围“先天不足”、“防御松懈”的地方。以提肛肌为界，可划分为高、低位两类间隙。也就是说高位间隙脓肿切开会损伤肛管直肠环，必要时应采用挂线疗法（也适用于高位肛痊），以免术后肛门失禁。还应引起重视的是，高位间隙中神经分布很少，感觉迟钝，故感染时，病人一般无剧烈的疼痛，因此就医较晚。当这些脓肿形成后，因自行溃破或切开排脓处溃疡引流不畅，脓腔内纤维组织增生，逐渐形成多个管道，容易发生高位复杂瘩。此外，因肛门血管没有瓣膜，血管容易曲张，回流不畅，局部营养不良，伤口不易愈合，也是脓肿感染后形成肛痊的重要原因。
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