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肛窦损伤感染是肛门直肠周围脓肿的主要原因，肛腺管开口于肛窦，肛窦的开口向上呈漏斗状，肛腺管则直接通向肛门直肠周围间隙中，所以粪便、异物、炎性分泌物及各种细菌非常容易进入肛窦引起肛窦炎和肛腺管炎症，导致肛门直肠周围感染形成肛周脓肿。
婴儿期易发生肛门直肠周围脓肿的其它原因还有：
1、粪便压迫：小儿骶骨弯曲尚未形成，直肠与肛管呈垂直状态，粪便直接压迫肛管齿状线肛窦处，易造成肛窦损伤感染发炎。而女孩直肠前有子宫压迫直肠，直肠曲与成人相似，肛窦相对受粪便压迫损伤机会少，所以发病率较男孩低。
2、小儿肛门周围尿布皮炎，致使毛囊、汗腺、皮脂腺感染，导致皮下脓肿。加之婴儿免疫机能低、抵抗力差，皮脂腺相对分泌旺盛，也易导致肛周皮下感染，形成脓肿。由此看来，婴幼儿肛门直肠周围脓肿除肛窦损伤感染外，肛周皮肤不洁也是一个主要因素。
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