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(1)探针检查。探针是检查肛瘘的重要工具。探针检查的关键是探寻找准内口，以利于治愈。
(2)病理学检查。在临床实践中，有许多疾病，特别是肿瘤及一些特异性炎症病变，虽然可通过各种实验室检查、x线摄片等方法进行诊断，但最后确诊往往需要经过病理组织检查才能获得。准确的病理组织检查，对于明确病变性质，确定治疗方案，衡量治疗效果，以及估计患者预后等都有很大的实际意义。病理学检查按其检查的手段及方法不同，分为病理活体组织检查及脱落细胞学检查两种。
(3)肛门直肠动力学检查。肛门直肠动力学检查即肛门直肠压力检查，指利用特制的压力测定仪检测直肠肛管内压和直肠肛门间存在的某些反射，以研究直肠肛门的生理和病理，诊断疾病，判断直肠肛门的功能。肛门直肠测压技术可测定直肠肛f]抑制反射、直肠肛门收缩反射、肛管静息压，直肠静息压、肛管直肠压力差、肛管最大主动收缩压、肛管高压带、直肠阈值扩张容量、直肠阈值感觉容量、直肠恒定感觉容量等。
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